L'histoire du Pérou remonte environ à 20.000 ans avant J.C., quand plusieurs groupes d'hommes et de femmes chasseurs et cueilleurs s'installèrent dans la région. Plusieurs théories diffèrent quant à l'origine véritable de l'homme américain.
La culture américaine est-elle autochtone ou résulte-t-elle de la migration asiatique ? Il semble que cette deuxième hypothèse soit plus en accord avec les découvertes anthropologiques, archéologiques et littéraires (légendes et traditions).

Sur toute l'Amérique du Sud se sont développées de véritables civilisations que nous appelons "pré incas". Les plus remarquables furent, sur la côte : Chimú, Nazca, Paracas et dans la Sierra : Chavín, Tiahuanaco. Pour le chercheur Julio C. Tello, la culture Chavín est la plus ancienne du Pérou : 1000 – 250 avant. J.C. Depuis, de nouvelles découvertes ont prouvé que les premiers édifices monumentaux du Pérou sont à peu près contemporains des pyramides d'Egypte et antérieurs de plus de mille ans aux grandes constructions des Olmèques. A partir de cette période, les peuples d'Amérique du Sud ont développé leurs cultures dans tous les domaines : architecture, économie, religion, etc...


Les Incas
L'empire inca a été l'un des plus remarquables d'Amérique du sud, comparable aux peuples Maya et Aztèque. Les débuts de l'empire inca remontent à 1.200 après J.C. environ.
Le véritable centre de l'empire était situé à Cusco (nombril du monde, en langue quechua), la ville d'où étaient administrés plus de 40.000 kilomètres d'un réseau de voies de communication reliant des centaines de peuples conquis. Selon la légende, l'empire trouve son origine dans la région de Tiahuanaco, lors de la migration de ses fondateurs. Elus par leur Dieu Soleil, Manco Capac et Mama Ocllo seraient sortis du lac Titicaca pour fonder la capitale de la civilisation inca. Par la suite plusieurs chefs se succédèrent jusqu'à la formation de l'empire qui constitua une grande nation (4000 km du nord au sud sur 3 millions de km²).
D'après les historiens, les empereurs incas peuvent être classés en deux dynasties : la période inca légendaire ou mythique (de 1.200 après J.C jusqu'à 1.438 après J.C.) et la période inca historique (de l'an 1.438 jusqu'à l'an 1.532).

C'est à la fin de cette même période, quand les deux derniers incas Huascar et Atahuallpa se disputaient le trône, que les conquérants espagnols apparurent, venant d'Amérique centrale, en passant par Tumbes (au nord de l'actuel Pérou) pour atteindre Cusco.


Conquête
La conquête a été une époque extrêmement difficile et traumatisante pour les autochtones et lourde de conséquences pour les nouveaux gouvernements européens. Elle a entraîné un changement profond et durable dans la composition de la société et la vision du monde des péruviens. A partir de cette période, la vice-royauté a pris le nom de "Perú" qui, au niveau politique a été organisé en "intendencias" et "governaciones", toujours entre les mains de dirigeants espagnols.
C'est l'époque de grandes campagnes d'évangélisation et d'endoctrinement, dont le but essentiel était de convertir le Perú en une véritable colonie espagnole. Des foyers de révolte ne tardèrent pas à apparaître, le plus important fut celui dirigé par le cacique Tupac Amaru II qui rassembla des gens de toutes races et classes sociales contre la couronne espagnole. Mais il fut vaincu. Alors que toute indépendance semblait impossible, la crise de la vice-royauté elle-même, et plus particulièrement celle de la classe sociale créole (constituée d'espagnols nés sur le territoire péruvien), conduisirent à la future indépendance du Pérou.


République
Cette période commence en 1821, avec la déclaration d'indépendance signée à Lima par l'argentin José de San Martín, qui, comme le vénézuélien Simón Bolívar, avait pris la tête de campagnes militaires rassemblant plusieurs armées de différentes régions de la vice-royauté. Cependant, en 1824, deux batailles supplémentaires (Ayacucho et Junín) furent nécessaires pour asseoir définitivement l'indépendance.
Libérées du joug espagnol, les jeunes républiques durent résoudre le difficile problème de l'organisation politique et mettre tous les groupes sociaux d'accord entre eux. Comment faire en sorte pour que le Pérou se développe de façon indépendante ? Quel groupe doit se charger de ce développement ? Lequel serait le plus apte à gouverner ? Ce furent parmi les grandes questions qui surgirent en même temps que la jeune république et la difficulté pour y répondre fut à l'origine de problèmes cruciaux. Des premières guerres entre chefs militaires, jusqu'aux derniers bouleversements résultant des luttes entre organisations politiques des dernières décennies, le Pérou ne semble pas encore avoir trouvé la formule idéale pour atteindre ses objectifs.